Харитон был родом из Иконии (Малая Азия). В своём родном городе пострадал во время гонений на христиан при императоре Аврелиане (270—275).
Житие преподобного описывает его мучения следующим образом:
«Святого же так били по всему телу, что видны были и внутренности его; ибо мясо отпадало от костей, кровь лилась рекою, и всё тело стало сплошною язвою».
После длительных мучений Харитона заключили в темницу откуда он был освобождён в правление императора Тацита.
Получив свободу, он отправился в паломничество на Святую землю.
В окрестностях Иерусалима он был захвачен разбойниками, которые привели его в пещеру. От смерти Харитона спасло то, что в пещеру вползла змея и своим ядом отравила сосуд с вином, выпив которое разбойники погибли.
Харитон остался жить в этой пещере, устроил в ней церковь.
Вскоре у него появились последователи и в том месте образовалась Фаранская лавра, ставшая первой монашеской обителью в Иудейской пустыне.
Желая уединения, преподобный вскоре удалился оттуда. На новом месте жительства Харитоном была основаны Иерихонская лавра в пещерах Сорокадневной горы, а затем, на третьем месте уединения, — Суккийская лавра на потоке Сукка, между Фекуею иМёртвым морем (греческое название — «Старая (Ветхая) лавра»).
Уходя из Фаранской лавры, преподобный Харитон оставил своим ученикам правила, своего рода устав, относительно пищи, псалмопения и других сторон жизни, из каковых правил известны: совет инокам есть только раз в день вечером, — хлеб, соль и воду, требование неотлучного пребывания в монастыре и гостеприимства.
Преподобный Харитон остался жить в Суккийской лавре, но желая умереть на месте начала своих отшельнических подвигов, вернулся в Фаранскую лавру где скончался около 350 года.
Был погребён в церкви, построенной на месте пещеры разбойников.
